Wanneer verschillende gynoids – vrouwelijke seksrobots – defect raken en de dood van klanten veroorzaken, worden Batou en Togusa gestuurd om het gynoidbedrijf LOCUS SOLUS te onderzoeken. Al snel onthullen ze een complot dat hacken en moord omvat, evenals een praktijk genaamd "ghost-dubbing", waarbij de gynoids worden doordrenkt met menselijke zielen.