Shinji ontwaakt aan boord van het slagschip AAA Wunder dat hoort bij een anti-NERV-organisatie, opgericht door NERV-leden. Shinji hoort de stem van Rei uit EVA-09 komen, die hem komt redden. Hij verlaat het schip en gaat naar NERV. Kaworu Nagisa laat Shinji het veranderde land zien. De redding van Rei lokte de Derde Inslag uit, die de schade aan de aarde veroorzaakte.